住宅ローンの年末残高証明書が届かない人は、まず借入先に、自分の契約が「証明書方式」か「調書方式」かを確認してください。証明書方式なら銀行から残高証明書を受け取り、調書方式なら銀行が税務署へ残高情報を送ります。調書方式では、従来の銀行の残高証明書の添付は不要です。
足りない書類の名前も確かめてください。銀行が発行する残高証明書と、税務署が発行する控除証明書では、問い合わせ先が違います。入居した年、初年度の確定申告、郵送・電子交付の選択を確認すると、必要な対応が分かります。
この記事は、2026年の年末調整に向けた書類未着の確認順です。住宅の面積や所得、控除期間などの適用条件自体は、入居年と住宅区分に応じた公式案内で別途確認してください。
初年度は確定申告、2年目以降は方式と不足書類を確認する
| 自分の状況 | 先に確認すること |
|---|---|
| 2026年に入居し、初めて控除を受ける | 年末調整ではなく、2026年分の確定申告の準備 |
| 2年目以降・証明書方式 | 銀行の残高証明書と、税務署の控除関係書類 |
| 2年目以降・調書方式 | 控除証明書の電子交付・郵送時期と年末残高の記載 |
| 銀行の書類を一度受け取って紛失 | 銀行に再交付・再ダウンロードを確認 |
| 税務署の控除証明書が見つからない | e-Tax・過去の郵送書類・税務署を確認 |
2026年に入居して初めて控除を受ける人は、2026年分の確定申告を準備してください。2025年に入居し、2025年分の初回申告を済ませた給与所得者は、通常、2026年が2年目の年末調整の対象です。
初年度の確定申告をしていない人は、税務署へ必要な申告を確認してください。国税庁No.1230は、最初の年分は確定申告が必要で、給与所得者は2年目以降に年末調整で適用を受けられると説明しています。
銀行の残高証明書と税務署の控除証明書は違う
| 書類 | 主な発行・提出主体 | 何のためのものか |
|---|---|---|
| 年末残高等証明書 | 借入先の金融機関 | 証明書方式で借入金の年末残高を示す |
| 年末残高等調書 | 金融機関から税務署へ | 調書方式で年末残高情報を提供する |
| 住宅借入金等特別控除証明書 | 税務署 | 年末調整等で住宅ローン控除を受けるための証明 |
| 住宅借入金等特別控除申告書 | 本人から勤務先へ | 年末調整で控除を申し出る書類・データ |
「年末残高等調書」は、原則として銀行が税務署へ提出する書類です。本人は、控除を申し出るために必要な書類やデータを準備します。銀行に調書の紙を取りに行く手続きとは区別してください。
銀行の残高証明書が足りない人は借入先へ、税務署の控除証明書が足りない人はe-Taxや税務署へ確認します。問い合わせには、書類名と対象の年分を伝えてください。
調書方式かどうかは自分の借入契約で確認する
調書方式は、実務上、2024年1月以降に居住を始めた人について、対応が完了した金融機関から順次移行しています。自分の借入先が移行前なら、従来の証明書方式で手続きします。
国税庁の対応金融機関一覧を確認し、借入先へ次の項目を尋ねてください。
- 自分の住宅ローン契約は、2026年分についてどの方式か。
- 紙・電子の残高証明書は発行されるか、いつ取得できるか。
- 調書方式の適用申請書を受け付け済みか。
- マイナンバーまたはe-Tax利用者識別番号、氏名・住所等に不足がないか。
- 借換え、複数口のローン、繰上返済がある場合の確認方法。
借入先の移行時期と、自分の契約が対象かを、銀行の案内で確認してください。金融機関の一覧だけで個別契約までは確定できません。複数の金融機関から借りている人は、借入先ごとに尋ねます。
証明書方式なら発送・電子交付・住所を確認する
証明書方式の人は、銀行の当年分の発行案内を確認してください。発送予定日前、電子交付への切替え済み、発送後の未着を分けて調べます。発行時期は金融機関ごとに異なります。
確認する順番は次のとおりです。
- 銀行のウェブサイト、ローン用アプリ、メッセージ欄で当年分の発行案内を見る。
- 電子交付に同意した記録と、取得できるファイルの種類を確認する。
- 登録住所と郵送先を確認する。引越し後は銀行の住所変更も点検する。
- 発行済みなのに見つからなければ、再発行または再ダウンロードの方法を聞く。
- 到着予定日と会社の提出期限を照合し、間に合わない場合は勤務先へ先に相談する。
引越しをした人は、銀行口座と住宅ローン契約の両方で、住所変更が済んでいるかを確認してください。提出に使える書類・データの種類も銀行に尋ねます。ネット銀行やアプリを利用している場合も、当年分の交付案内に沿って準備しましょう。
調書方式の準備は、銀行への申請・情報取得・電子交付の3つ
マイナポータル連携で年末残高を取得し、控除証明書を電子交付で受け取る人は、次の3つの手続きをそれぞれ確認してください。
銀行への適用申請
借入先へ、所定の「住宅ローン控除の適用申請書」を提出してください。金融機関によって、マイナンバーの代わりにe-Taxの利用者識別番号を記載します。過去に番号を提供した人も、今回の適用申請を受け付けたかを銀行へ確認します。
e-Taxからの情報取得希望
年末残高情報をマイナポータル経由で取得し、自動入力する人は、e-Taxのマイページで情報取得を希望する旨を登録してください。手順は国税庁の情報取得手順にあります。
国税庁No.1230では、居住開始年の12月末までに事前準備をすると、翌年2月中旬に年末残高情報が格納されると案内しています。格納される時期は登録時期で変わるため、準備を済ませた日と、情報が届く予定を照合してください。
控除証明書の電子交付への同意
2年目以降の控除証明書をe-Taxで受け取る人は、処分通知等の電子交付への同意を確認してください。国税庁は、交付を希望する年分のおおよそ10月末までの手続きを案内しています。
2026年9月24日からは原則として事前の一括同意に変わりました。ただし、9月23日以前に提出した申告・申請で、この控除証明書の電子交付に同意済みの場合は、従前の同意で電子交付され、改めて一括同意する必要はありません。
銀行への適用申請、e-Taxからの情報取得希望、控除証明書の電子交付への同意は、それぞれ目的が違います。完了記録を一つずつ確認してください。
調書方式の控除証明書は、電子なら毎年11月中旬ごろ
国税庁の2026年10月4日時点の案内では、調書方式の控除証明書の交付時期は次のとおりです。
| 受取方法 | 交付の目安・確認箇所 |
|---|---|
| 電子交付 | 毎年11月中旬ごろ、e-Taxのメッセージボックス |
| 書面交付 | 入居2年目の11月下旬ごろ、以後の控除期間分をまとめて郵送 |
会社の提出期限が10月末や11月上旬なら、「調書方式で11月交付予定」と先に伝えてください。公式の交付時期と会社の期限がずれるため、追加提出の方法を相談します。
書面交付は、2年目に以後の控除期間分をまとめて受け取る方式です。3年目以降の人は、その書類の中から当年分を探してください。
書面交付の年末残高に関する事項は、入居2年目の年分の控除証明書に記載されます。3年目以降は、返済計画表などで当年の年末残高を確かめ、控除額を計算してください。使う数字は、申告する年分に合わせます。
会社へ書面で出す場合は、電子証明書をQRコード付きで出力する
電子データを受け付ける勤務先には、指定された形式と方法で提出してください。PDF、XML、画面の画像は、扱いが異なります。銀行やe-Taxで取得したデータのうち、会社が受け付けるものを確認しましょう。
書面で提出する人は、電子的控除証明書を国税庁のQRコード付証明書等作成システムで出力してください。証明書の画面を画像にして印刷する方法とは区別します。
証明書方式では、控除関係の書類と銀行の残高証明書を準備します。調書方式では、本人が控除申告書などを勤務先へ提出します。従来の銀行の残高証明書は添付不要です。記載例は国税庁の年末調整用案内にあります。
残高が表示されない・金額が違うとき
残高が表示されない人は、情報取得の登録、格納時期、銀行が提供した本人情報を順に確認してください。氏名・住所・生年月日・番号などの漏れや誤りがあると、マイナポータル連携の対象から外れる場合があります。
調書方式で自動取得できない人には、返済計画表などを基に直接入力する方法が案内されています。証明書方式の人は、残高証明書が必要です。自分の方式を確認して、税務署や勤務先へ提出書類を尋ねてください。
借換え、2つ以上の年末残高等調書、住宅ローン控除の重複適用がある人は、記載された残高と控除見込額が自分の申告に合うかを確認してください。繰上返済をした人も、明細などで実際の年末残高を確かめます。
問い合わせる人は、次の資料を手元に用意してください。
- 入居年月日と初年度の申告状況。
- 借入先、契約番号、借換えや複数借入の有無。
- 適用申請書・情報取得希望・電子交付同意の完了記録。
- 当年分の控除証明書、返済計画表、繰上返済の明細。
- 表示されない項目、表示日、エラーの文言。
マイナンバー、暗証番号、認証コードなどを、公開掲示板や不明な問い合わせ先へ送らないでください。金融機関と国税庁の正規の窓口を使います。
年末調整に間に合わない場合は会社と税務署へ相談
勤務先へ、不足している書類名、交付方式、到着・格納の予定、提出できる時期を伝えてください。会社の処理状況に応じて、追加提出や年末調整の再計算が可能かを相談します。
年末調整で控除を受けられなかった人も、適用要件を満たしていれば、確定申告で手続きできます。会社の期限を過ぎた人は、必要書類をそろえ、税務署へ申告方法を確認してください。
初年度の人は、確定申告を準備してください。2年目以降の調書方式で確定申告する人も、控除証明書のデータまたは書面などを確認します。2026年分の申告画面が公表されたら、当年分の案内で操作を確かめましょう。
確定申告をする人は、ふるさと納税のワンストップ特例を申請していても、寄付全件を申告に含める必要があります。税金の手続き全体は年末調整2026の記事も確認できます。住宅の適用条件は中古住宅の住宅ローン減税2026で整理しています。
よくある質問
10月に残高証明書が来ないのは異常ですか？
発行時期は銀行と方式によります。調書方式では、税務署の控除証明書が11月に交付される案内があります。銀行の当年分の案内と、自分の契約の方式を先に確認してください。
調書方式なら会社へ何も出さなくていいですか？
控除申告書のデータまたは書面などを、勤務先へ提出してください。調書方式で添付が不要となるのは、従来の銀行の残高証明書です。本人の控除申告は必要です。
電子交付にした控除証明書を紛失したら？
e-Taxのメッセージボックスと保存済みデータを探してください。書面で受け取った税務署の控除書類が見つからない人は、国税庁の交付申請案内または税務署で再交付などを確認します。
マイナンバーカードがなければ控除できませんか？
控除の適用要件と、マイナポータル連携の利用条件は、それぞれ確認してください。調書方式で連携できない人には、返済計画表などを使って入力する方法が案内されています。銀行への適用申請も済ませ、税務署へ自分に合う申告方法を尋ねましょう。
公式情報と確認先
- 国税庁：No.1230 調書方式による住宅借入金等特別控除
- 国税庁：住宅ローン控除の調書方式の手続き・最新FAQ
- 国税庁：対応金融機関の一覧
- 国税庁：e-Taxからの情報取得
- e-Tax：処分通知等の電子交付
- 国税庁：年末調整で住宅ローン控除を受ける方へ
情報確認日：2026年10月4日。対応契約、交付時期、電子データの受付方法は、金融機関・勤務先・税務署の最新案内で確認してください。
執筆・検証：カネさん（政経プラスチャンネル運営）＋ ChatGPT。AIは構成・論点整理・出典確認を補助しています。
